要开启火红版的二周目内容，首先需要完成一周目主线剧情并击败四大天王。通关后读取存档即可自动进入二周目剧情，初始位置位于真新镇家中。大木博士会主动前来拜访，若图鉴收集数量达到60种博士会协助升级为全国图鉴模式，这是触发后续七岛任务的重要前提条件。
完成图鉴升级后需前往精灵联盟，会发现冰系天王科拿外出旅行导致无法挑战四大天王。需要前往枯叶市码头乘船抵达一之岛，在岛屿网络中心与NPC对话得知修复通信机器需要红宝石。返回灯火山区域，在右侧洞穴击败两名火箭队残党后，可在洞内深处获取红宝石，将其交还给网络中心NPC可获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。
从四之岛开始探索会遇到宿敌小茂但不会触发战斗，在科拿家右侧的冰洞中使用攀瀑技能可发现火箭队据点。通过五之岛的空地进入火箭队仓库需要双重密码，第一组密码在灯火山事件中获得，第二组需前往六之岛标志森林深处的洞穴，按上、左、右、下的顺序通过机关取得蓝宝石后被NPC夺走并留下密码提示。
最终返回五之岛仓库输入两组密码，击败仓库内的火箭队首领夺回蓝宝石，将其带回一之岛完成机器修复。可前往七之岛挑战训练师之塔，并在华蓝洞窟遭遇70级超梦。若未捕获三神鸟，需在无人发电厂、双子岛等特定地点完成捕捉。整个二周目流程围绕宝石收集与七岛探索展开，最终可解锁全国图鉴通信功能并挑战强化版四大天王。
