军团战作为二战风云2的核心玩法之一，虽然充满策略性和团队协作的乐趣，但实际参与时会遇到不少挑战。军团成员之间的协调难度较大。战场规模通常涉及上百名玩家和十万以上的部队单位，指挥层需要实时制定战术并确保成员执行，但沟通效率容易受时差、语言或在线时间不一致的影响。军团长和指挥官需频繁调整战略，比如将普通城市改造为军团城市以获取高级军备，但资源调配和权限管理可能引发内部矛盾。
资源供给和补给系统是另一大难点。军团城市虽能生产更强力的军备，但需要成员通过商业区持续贡献资源，而战场中补给线容易被敌方切断。部队若长时间缺乏食物、弹药或燃料，不仅行动受限，还可能直接溃败。许多新手会忽略补给品厂的建造优先级，导致后期陷入被动。军团战赛季积分机制要求长期投入，初始5000积分会随胜负波动，弱势军团可能因连续失败丧失斗志。
游戏融合了地缘、地形和外交等多重元素，闪电战或航母偷袭等战术需要精准配合，但成员操作水平参差不齐可能导致计划流产。侦察机数量不足或侦察技术未升级，会误判敌方兵力分布；而军团城市的高级兵种若未合理分配，反而会造成资源浪费。战场中单兵行动与团队目标的冲突也常见，部分玩家可能因个人利益脱离指挥。
游戏采用全3D即时战斗模式，大规模混战对设备性能和网络稳定性要求较高，卡顿或延迟可能直接影响战局。部分玩家因手机配置不足，无法流畅操控部队或及时响应指令。赛季奖励分配需军团长公平处理，若处理不当易引发成员流失。尽管存在这些困难，通过提前规划资源、明确分工和加强演练，军团仍能逐步提升整体战力。
